Um grupo de professores, por meio de suas associações docentes, decide criar um novo espaço sindical de organização plural e democrática dos docentes das Instituições Federais de Ensino Superior, denominado Fórum de Professores das Instituições Federais de Ensino Superior (PROIFES), como reflexo de uma postura crítica e independente em relação ao movimento docente. Eleita a diretoria provisória do Fórum (2004-2005).

Realizado o I Encontro Nacional em Itatiaia (RJ). Eleita a primeira diretoria do Fórum (2006-2008). Várias associações docentes se vinculam ao PROIFES-Fórum: além das fundadoras ADUFSCar, APUBH, ADUFG, ADUFMS e ADUFPI, entra a ADUFRGS. A ADURN, APUB, ADUFC e SESDUF-RR oferecem apoio político.

Criação da classe de Associado, que possibilitou que professores e professoras doutoras, retidos na classe de adjunto IV há mais de 20 anos, pudessem fazer a progressão; Elevação dos incentivos à titulação em 50%; Aumento do percentual da Gratificação de incentivo à docência – GED para aposentados. Realizado o II Encontro Nacional em Caldas Novas (GO).

Assinatura do acordo que recuperou em três anos os salários dos docentes nos melhores patamares em duas décadas; conquista da paridade entre ativos e aposentados. Realizado o III Encontro Nacional em Brasília (DF).

Criação da carreira do Ensino Básico, Técnico e Tecnológico – EBTT. A conquista da isonomia entre as carreiras definitivamente marca o protagonismo do PROIFES na luta e defesa das Escolas Técnicas que estavam se transformando em Institutos Federais, das creches, das Escolas de Aplicação e das Escolas vinculadas às universidades públicas.

Fundação do Sindicato Nacional dos Professores do Ensino Público Federal (PROIFES-Sindicato), na cidade de São Paulo. A criação do sindicato nacional, hoje SINDPROIFES, permitiu representação nacional para os docentes das IFES que não optaram ainda por formarem sindicatos de base local. Realizado o IV Encontro Nacional em Brasília (DF). Eleita a segunda e última diretoria do Fórum (2009-2011).

Realizado o V Encontro Nacional em São Paulo (SP), que aprova a 1ª versão do Projeto de Lei Orgânica das Universidades Federais. Início do processo de criação dos sindicatos locais e busca de seus registros. ADUFRGS-Sindical, ADUFSCar-Sindicato, ADUFC-Sindicato, APUBH-Sindicato, ADUFG-Sindicato, APUB-Sindicato, Sindiedutec-PR, ADUFMS-Sindical.

Filiação à Internacional da Educação. Participação na Conferência Nacional de Educação CONAE. Realizado o VI Encontro Nacional em Brasília (DF), que aprova a transformação do Fórum em Federação, a partir da percepção da necessidade de se criar uma Federação que pudesse reunir os diversos sindicatos que estavam sendo fundados nas Universidades.

Realizado o VII Encontro Nacional em São Paulo (SP), que aprova o Estatuto da nova Federação. Em dezembro os sindicatos fundam o PROIFES-Federação e elegem sua primeira Diretoria Executiva (2012-2015).

Em 01 de janeiro de 2012 o Fórum de Professores das Instituições Federais de Ensino Superior transformou-se, por decisão dos seus associados, no PROIFES-Federação. Após a realização de sua primeira Greve Nacional a Federação assina o Acordo 01/2012, que reestrutura as carreiras de Magistério Superior e EBTT, e cria o Reconhecimento de Saberes e Competências (RSC), a promoção a Titular além de obter reajustes salariais. Realizado o VIII Encontro Nacional em Brasília (DF).

Realizado o IX Encontro Nacional, em João Pessoa (PB). Regulamentação das regras de progressão e promoção nas carreiras de EBTT e Magistério Superior.

Participação na Conferência Nacional de Educação CONAE 2014 e na aprovação do Plano Nacional de Educação (PNE). Realizado o X Encontro Nacional em Goiânia (GO).

Após a segunda Greve Nacional a Federação assina o Acordo 19/2015 que vigora entre 2016 e 2019, com a reestruturação das Carreiras do MS e EBTT. Realizado o XI Encontro Nacional em Natal (RN). Eleita a segunda diretoria da Federação (2016-2018).

Participa da criação do Fórum Nacional Popular de Educação (FNPE) como membro fundador. Luta contra a PEC 555, que se transforma em dezembro na Emenda à Constituição 95.  Realizado o XII Encontro Nacional em Brasília (DF).

Início da reestruturação das Carreiras. Grande luta contra a Reforma da Previdência. Realizado o XIII Encontro Nacional em Porto Alegre (RS).

Participação com destaque no Fórum Social Mundial, na Conferência Nacional Popular de Educação (CONAPE) realizada em maio em Belo Horizonte (MG), na Conferencia Regional de Educación Superior (CRES) em Córdoba, na Argentina, em junho. Realizado o XIV Encontro Nacional em São Luís (MA).

PROIFES completa 15 anos de lutas e conquistas. Realização do 1º Encontro Nacional de Educação Infantil em São Carlos (SP) em fevereiro. Última etapa da reestruturação das carreiras. XV Encontro Nacional em Belém (PA), levando o PROIFES a realizar encontros nacionais em todas as regiões do Brasil. Sessão solene na Câmara dos Deputados em homenagem aos quinze anos do PROIFES com lançamento do livro PROIFES-Federação 15 anos – Lutas e conquistas.

Lançamento da Campanha Nacional IFES x Coronavírus. Encontro Nacional acontece de forma remota e virtual pela primeira vez na história do PROIFES. Realização do I Seminário Jurídico do PROIFES-Federação.

Posse da nova Diretoria Executiva do PROIFES para o triênio 2021-2024. Lançamento da campanha Sem Vacina, Sala Vazia. Luta contra a Reforma Administrativa. 

Performance artística idealizada pelo GT Direitos Humanos: Fome não é Fake. Brasília, dezembro de 2021

Performance artística idealizada pelo GT Direitos Humanos: Fome não é Fake. Porto Alegre, abril de 2022

GT Direitos Humanos do PROIFES participa do Fórum Social das Resistências. Porto Alegre, abril de 2022.

O GT de Direitos Humanos do PROIFES-Federação promoveu, entre os dias 31 de março e 2 de abril, o curso de formação "Feminismo: classe, raça e gênero". A capacitação, realizada na Sede Campestre do Sindicato dos Docentes das Universidades Federais de Goiás (Adufg-Sindicato), reuniu representantes sindicais de todo país e teve o objetivo de ampliar os conhecimentos acerca das questões de gênero na estrutura sindical.

O PROIFES-Federação assinou na Mesa de Negociação Específica com o Governo Federal o acordo que garante a reestruturação da carreira docente, bem como reajuste a partir de janeiro de 2025.